由指挥官展瀚韬领导的飞虎队行动组A Team,经过一年的合作和锻炼,各队员渐渐成熟,合作更具默契,而面对的新挑战也接踵而来。随着旧拍档相继离队,余学礼等A Team成员话说,这一个来月,陈源和陈平每天出去,次数多了也觉得有点无聊。因为他们很少在大街上碰到人影,就算偶尔碰到一个两个,没等他们靠近。那些人也像见了变异怪物似的迅速逃走了。摇身一变成大师兄,以身作则带领一批新队员。大家都认定瀚韬是总督察的最佳人选,但最后总督察却由潘子龙担任,众队员大表诧异之余,更要重新适应子龙的新作风。
瀚韬的最佳拍档、飞虎队狙击手庄卓源与女友丁慧慧彼此认定为终身伴侣,慧慧为支持卓源、深入了解卓源的工作,竟辞去空姐一职。卓源感清生活稳定,但工作上却遇到瓶颈。另一边,一心想成为女飞虎的苏文强,经过多重辛苦训练,终如愿所长。文强与学礼日久生清,二人正要确认彼此关系时,又出现了感清的牵绊。
飞虎队每次行动部署精密,但在一次行动中,一名飞虎队员却被指违反守则。其他队员团结一致保护犯错队友,惟瀚韬公正不阿。向来团结的A Team面临四分五裂,瀚韬将如何化解危机?